無垢材は元々表面に塗装をかけていないので、比較的白い樹種は汚れが目立ちやすい傾向にあります。
この汚れをとる方法としては、100円ショップなどでも販売しているスポンジ付きの化学たわしに水を少し付けてこするとよくとれます。
無添加住宅では経年美化という考え方をもっていて(アンティークというと伝わりますでしょうか?)、長い年月が経っても古くてそれなりに美しいものを味わって愛着がわくような家をおすすめしています。
木は年月が経つとともに色が濃くなりますので、10年を超えてきますと、汚れも少しずつ目立たなくなってくると思いますよ。
ただ、1年から5年くらいは一番汚れが目につく期間なのかもしれません。